V gotickém štítu s černou bordurou, na zeleném poli, je umístněná stříbrná (bílá) letecká puma. Ze středu pumy vycházejí pod úhlem 45 stupňů na pravou a levou stranu vždy dva blesky stříbrné (bílé) barvy symbolizující explozi. Uvedené symboly představují specializaci centra, které jsou vyjádřeny ve zkratce EOD, což znamená v anglickém jazyce Explosive, Ordnance, Disposal a v překladu Výbuch, Munice, Likvidace. V horní části je hlavě znaku majuskulním písmem uveden názor vojenského zařízení „NÁRODNÉ CENTRUM EOD“ a pod ním místo dislokace „NOVÁKY“.
Znak byl Národnímu centru EOD Nováky přiznán Nařízením ministra obrany SR č. 60/2016 ze dne 16. 8. 2016 (Věstník MO SR č. 58/2016).
