Znak má tvar pětiúhelníkového legionářského štítu. V hnědo-zeleně polceném poli je umístěna zlatá kotva. Horní část kotvy s okem je provlečena šedým ozubeným kolem, které překrývá část kotvy nad rozdvojením háků.
Na středu znaku je uvnitř ozubeného kola přes kotvu přeložena černá bomba s tmavě šedou zápalnou šňůrou, která vychází z bomby vzhůru pošikem do zelené poloviny znaku, stáčí se smyčkou, překládá horní část kotvy a ozubeného kola a v hnědé polovině znaku se ve stejné výši jako smyčka prohýbá mírně pokosem a je zde zakončena žlutooranžovou osmicípou hvězdicí. Při horním okraji znaku je umístěn šedý most.
Kotva s ozubeným kolem odkazuje na historický symbol ženistů používaný v Československé a v České armádě po desítky let od zrodu našeho státu. Tento symbol je barevně oddělen tak, aby každá figura symbolizovala samostatně různé specializace ženijního vojska. Zlatá kotva vyjadřuje důvěru a jistotu, stejně jako práce mostních specialistů pontonové roty. Šedé ozubené kolo vyjadřuje pokrok a šikovnost, obdobně jako práce specialistů rot všeobecné ženijní podpory.
Symbol archaické bomby se zápalnou šňůrou odkazuje na sílu výbuchu a ničivost exploze. Poukazuje na nebezpečné práce s trhavinami a vyjadřuje schopnosti roty EOD.
Rota EOD (rEOD) je předurčena k provádění pyrotechnického průzkumu, odstraňování a likvidaci nevybuchlé munice při bojových i nebojových operacích, pyrotechnické podpoře při odminování a v provádění pyrotechnické asanace objektů a prostorů na vlastním území.
Most symbolizuje um i neskonalou píli, zdánlivě spojuje nesourodé profese a překlenuje neklidné vody bezpečnou cestou. Zároveň svým tvarem evokuje k dislokaci praporu v posádce Bechyně.
Štít, rozdělený svisle dvěma podkladovými barvami společně se zlatou kotvou, odkazuje na nadřízený znak 15. ženijního pluku Bechyně.
Ústředními barvami znaku jsou hnědá a zelená. Reprezentující barvy přírodních zdrojů.
Hnědá barva reprezentuje zeminu a vyjadřuje trpělivost a askezi (disciplína, praxe).
Zelená barva reprezentuje vegetaci a vyjadřuje sounáležitost.
Šedá barva (barva kovu) reprezentuje technické a strojnické profese praporu a evokuje preciznost, kvalifikovanost, pracovitost.
Černá barva je barva černého prachu.
Zlatá barva (barva drahého kovu) symbolizuje velkorysost a šlechetnost. Rukávový znak o rozměrech 80 mm x 65 mm byl vytvořen ve 3 variantách – barevné, bojové a pouštní.